понедельник, 14 апреля 2014 г.

On direct construction of de Bruijn graphs: the Sibelia way

Recently I saw a blog post about the SplitMEM paper. The paper introduces a way to construct compressed de Bruijn graphs without using an ordinary de Bruijn graph first and compressing it explicitly. Authors utilize the suffix tree framework to do this and introduce additional data structure called "suffix skip table", their method has time complexity O(nlogn). A similar method lies in the core of Sibelia, a synteny block finding tool that uses direct construction of de Bruijn graphs as well.

понедельник, 7 апреля 2014 г.

Часть четвертая: канатки и то, что рядом

В Гонконге две канатные дороги: одна расположена на острове Лантау, а вторая -- в Океанариуме. Канатка на Лантау ведет от городка Тун Чун до большого Будды. Билет в обе дороги недешевый, 150 HKD (~700 рублей), но оно того стоит. Дорога проходит над одноименным заливом Тун Чун и лесистыми холмами. Кабинки очень современные, а за отдельную плату можно проехать в кабинке со стеклянным полом!